Para siswa kembali karena sekolah kembali dalam sesi untuk semester kedua. Mengikuti eksploitasi mereka di pulau selama liburan musim panas, Kelas 3-E terus mengasah pedang mereka dengan pandangan mereka pada guru mereka, Koro-sensei yang licin. Mereka memiliki lebih banyak kekhawatiran daripada hanya guru mereka, namun, sebagai pembunuh musuh, baik tua dan baru, keluar untuk karunia yang meningkat di kepala gurita. Selain itu, saingan mereka di Kelas A, serta kepala sekolah SMP Kunugigaoka, berdiri untuk memblokir Kelas E dari mencapai keunggulan akademik. Dengan semua hambatan yang menentang mereka, kelompok harus terus bekerja bersama untuk mengatasi musuh mereka dan mencapai tujuan mereka dengan sukses membunuh guru mereka.