Lima puluh tahun yang lalu, makhluk misterius yang dikenal sebagai “Huge” tiba-tiba muncul di seluruh dunia, menimbulkan ancaman eksistensial bagi umat manusia. Untuk bertahan dari ancaman ini, tentara dalam bentuk gadis remaja yang dikenal sebagai “Lilies” menggunakan energi “Magie” di dalam tubuh mereka untuk menyalakan senjata yang disebut “Counter Huge ARMS” atau “CHARMS”. Setelah diselamatkan oleh Lily dua tahun lalu saat dievakuasi dari serangan besar, Riri Hitotsuyanagi bersumpah untuk menjadi Lily sendiri. Dia mendaftar di akademi bergengsi Yurigaoka, tempat pelatihan untuk Lilies, dan menemukan bahwa salah satu teman sekelasnya adalah Yuyu Shirai — Lily yang sama yang menyelamatkannya. Namun, yang membuatnya bingung, orang yang dianggapnya ceria ternyata sangat antisosial dan lebih memilih untuk berkelahi sendirian. Meski begitu, Riri tetap ingin bergaul dengan Yuyu dan rela melakukan apapun yang dia bisa untuk mencapai tujuan tersebut. Dengan Yuyu dan Lilies lainnya di sisinya, perjalanan Riri untuk menjadi salah satu dari mereka baru saja berkembang!