Sepanjang sejarah, manusia telah berselisih dengan Beastmen — spesies yang mampu berubah bentuk karena “Faktor Binatang” genetiknya. Karena konflik ini, Beastmen terpaksa bersembunyi. Kota Anima berfungsi sebagai tempat berlindung yang aman bagi individu-individu yang tertindas ini untuk hidup bebas dari campur tangan manusia. Selama festival merayakan ulang tahun ke 10 kota itu, Michiru Kagemori, seorang manusia yang tiba-tiba berubah menjadi tanuki, menemukan bahwa Kota Anima sangat jauh dari surga. Setelah menyaksikan ledakan di alun-alun, dia dihadapkan oleh Shirou Ogami, serigala yang tampaknya tidak bisa dihancurkan dan pelindung bersumpah dari semua Beastmen. Saat mereka mengejar penjahat di balik pemboman, keduanya menemukan bahwa Michiru hanyalah Beastman biasa, dan ingin menyelidiki masa lalu misterius dan kemampuan luar biasanya. Mungkinkah dia ternyata menjadi mata rantai yang hilang antara Manusia dan Beastmen?