Alkohol, merokok, dan stres — di dalam tubuh yang mengalami iritasi ini, sel-sel yang bertanggung jawab untuk mempertahankan hidup tampaknya berperang tanpa akhir. Karena kekurangan pekerja yang parah, Sel Darah Merah AA2153 harus cepat belajar mengirimkan oksigen dan mengumpulkan karbon dioksida, bahkan dalam kondisi berbahaya. Sementara itu, White Blood Cell U-1196 harus melakukan tugasnya dengan menangani kuman dan virus dalam situasi yang mengancam nyawa. Di tengah krisis tersebut, mereka harus bekerja sama untuk menjaga kesehatan tubuh, meski tidak tahu apakah pengorbanan mereka akan bermanfaat. Hataraku Saibou Black mengambil pendekatan berbeda dengan menunjukkan sisi grittier dari pekerjaan yang dilakukan sel kita.