Rika Furude dan teman-temannya tinggal di desa pegunungan kecil di Hinamizawa; pada bulan Juni 1983, mereka menyambut murid pindahan Keiichi Maebara ke dalam barisan mereka, menjadikannya satu-satunya anak laki-laki dalam kelompok mereka. Sepulang sekolah, mereka bersenang-senang bermain game dan menghabiskan setiap hari menjalani hidup mereka sepenuhnya. Terlepas dari rutinitas yang tampaknya normal ini, Keiichi mulai memperhatikan perilaku aneh dari teman-temannya, yang tampaknya menyembunyikan rahasia gelap kota darinya. Di tempat lain, seseorang menyaksikan peristiwa yang semakin meresahkan ini terungkap dan selalu ingat bahwa ini, dan kisah serupa lainnya, telah dimainkan. Dengan menggunakan pengetahuan itu, orang ini memutuskan untuk memperbaiki dunia yang rusak ini. Namun, ketika variabel tertentu berubah, individu dihadapkan pada kesadaran yang mengerikan: mereka tidak tahu apa yang diharapkan atau bagaimana menghentikan tragedi yang akan datang.