Lima puluh tahun yang lalu, makhluk mengerikan yang dijuluki sebagai “musuh umat manusia” tiba-tiba muncul di seluruh dunia. Untuk mengatasi ancaman ini, para remaja berbakat dengan kemampuan supernatural yang disebut “Bakat” —seperti pyrokinesis dan perjalanan waktu — mengasah kekuatan mereka di akademi di pulau terpencil. Nanao Nakajima, bagaimanapun, sangat berbeda dari yang lain di pulau itu: dia tidak memiliki Bakat. Dengan banyaknya remaja “Berbakat” di sekitarnya, Nanao sering menjadi sasaran bullying, namun meski begitu, ia tetap berusaha untuk menyelesaikan pelatihannya. Segera setelah itu, dua siswa pindahan, Kyouya Onodera yang misterius dan Nana Hiiragi yang bisa membaca pikiran, bergabung dengan kelas. Tapi saat semua orang mulai berbaur sebagai rekan seperjuangan, penghilangan misterius mulai mengancam seluruh yayasan kelas.